Что значит обнаружен рнк вируса sars cov 2
SARS-CoV-2: тяжелая борьба и прогнозы
Ведущий вирусолог России Сергей Нетесов — об особенностях нынешней эпидемии
Сергей Нетесов,
член-корреспондент РАН, доктор биологических наук, профессор, заведующий лабораторией биотехнологии и вирусологии факультета естественных наук Новосибирского государственного университета
«Коммерсантъ Наука» №10(2), апрель 2020
Обычные маски эффективны не более часа. И маски не стоит использовать многократно, кроме специальных многоразовых. Фото: Коммерсантъ / Евгений Павленко
С момента выхода предыдущего номера «Ъ-Науки» счет инфицированных коронавирусом людей пошел на миллионы, погибло уже свыше 150 тыс. человек. Это вторая статья из серии, посвященной пандемии, особенностям SARS-CoV-2 и способам борьбы с ним.
Эпидемия, вызванная коронавирусом SARS-CoV-2, превратилась в пандемию и охватила уже более 80% стран. В большинстве государств объявлены карантинные меры разной степени жесткости. Фактически данная эпидемия прояснила истинную готовность стран к отражению серьезных эпидемических угроз. В лидерах по числу больных и умерших — США, чего в феврале и первой половине марта никто не ожидал. На втором и третьем местах с большим отрывом — Италия и Испания, но их уже стремительно догоняют Франция и Германия, которые уже существенно опередили Китай, идущий на шестом месте. А там недалеко Великобритания и Турция, которые, судя по всему, скоро перегонят Китай.
К сожалению, Россия повторила целый ряд ошибок вроде бы таких примерных в области здравоохранения стран, как США, Италия, Испания и ряда других. Во-первых, у нас не стали сразу проверять на наличие вируса контактных с больными лиц; во-вторых, поначалу отказались от привлечения частных компаний-производителей диагностикумов и частных компаний, осуществляющих проведение тестов; и в-третьих, слишком лояльно отнеслись к возможным носителям вируса, массово прибывавшим из европейских стран.
Здравым решением было бы по опыту Южной Кореи делать тесты всем подозреваемым на инфекцию лицам и всем, кто желает сделать эти тесты в отношении себя и своих родных, пусть даже платно. В результате таких мер Корея сейчас с ситуацией справляется и, судя по всему, справится в кратчайшие сроки, причем без такого жесткого карантина, как в Китае.
Во всех развитых странах вслед за Китаем была разработана и проводилась диагностика генома возбудителя с помощью различных модификаций метода полимеразной цепной реакции, их подробные протоколы часть стран выставила в интернете в свободном доступе. Россия еще в первой половине февраля также разработала первые варианты ПЦР-тестов и начала анализ проб прибывающих из-за рубежа лиц с симптомами вирусной пневмонии. А в первую неделю апреля Россия также начала переходить на широкий охват населения диагностикой на эту инфекцию, разрешив официальную разработку и производство тест-систем высококвалифицированным частным разработчикам и производителям тест-систем и зарегистрировав в законном порядке разработанные тест-системы.
Проведение самих диагностических процедур и взятие проб было в конце концов также разрешено коммерческим диагностическим компаниям, таким как «Хеликс», КДЛ, «Гемотест», «Инвитро» и некоторым другим, помимо центров гигиены и эпидемиологии и ГНЦ ВБ «Вектор» Роспотребнадзора, а также ряда крупных инфекционных больниц, имеющих аккредитованные и лицензированные диагностические лаборатории. Это позволило кардинально расширить круг обследуемых лиц и колоссально облегчило нагрузку на организации Роспотребнадзора.
Терминология
С терминологией часто путаются многие, поэтому полезно знать и помнить, что:
SARS-CoV-1 — это международное название вируса «атипичной» пневмонии 2002–2003 годов, по-русски — ТОРС-коронавирус (тяжелый острый респираторный синдром);
MERS-CoV — это вирус Ближневосточного респираторного синдрома 2012 года (по-русски — БВРС-коронавирус). Вирус, вызывающий легочные пневмонии в Саудовской Аравии и соседних странах и передающийся человеку от тамошних верблюдов.
SARS-CoV-2 — нынешний коронавирус, а COVID-19 — болезнь, вызываемая нынешним коронавирусом.
Карантинные меры сейчас в России
Начавшись в отличие от ряда стран очень постепенно, вспышка инфекции в России в марте, к сожалению, приобрела эпидемический характер без тенденций к снижению, и поэтому введение в России различных по жесткости карантинных мер с конца марта было совершенно оправданным. Такие меры нет смысла вводить на время, меньшее чем один инкубационный период со дня выздоровления последнего заболевшего, и поэтому 30 апреля — это правильный срок при условии строгого соблюдения условий карантинных мер, особенно в Москве. А эти условия, похоже, соблюдаются далеко не всеми и, что самое печальное, не соблюдаются целым рядом публичных персон, которые вроде бы должны быть примером для всего населения страны.
Карантинные меры в России сейчас очень нужны, потому что надо «сплющить» пик эпидемии, дав возможность больницам пролечить побольше больных людей. Но параллельно надо усилить и расширить выявление инфицированных контактных лиц, включая бессимптомных, с помощью надежных тест-систем, которые надо выпускать в десятки раз больше, чем до сих пор. Для этого надо проводить анализ на наличие вируса всех не только выздоровевших, но и контактных лиц перед выпуском их из карантинов.
Проведение анализов в максимальном масштабе надо организовать через коммерческие диагностические сети с тем, чтобы результаты выдавались в течение суток. Кроме того, стоит так же, как в Германии, начать проверку всех заинтересованных граждан, пусть поначалу и платную, на наличие иммунитета к коронавирусу. И, может быть, имеет смысл выдавать сертификаты гражданам с хорошим уровнем антител о том, что они защищены. Это было бы также весьма разумным для выхода из карантина.
Но для этого нужны надежные, сертифицированные на панелях сывороток диагностические тест-системы на антитела к этому вирусу, а также подтверждающие тесты, поскольку — особенно на первых вариантах таких тест-систем — возможны как ложнопозитивные, так и ложнонегативные реакции. И необходимо начать срочное изучение иммунного статуса переболевших детальными иммунологическими методами. Кроме того, после регистрации тест-систем на антитела коммерческими компаниями надо обеспечить включение такого тестирования в страховые услуги. Чем быстрее, тем лучше.
Виды клинических проявлений COVID-19
Асимптоматическая инфекция, или мягкое респираторное заболевание, при котором большинство не обращается к врачу.
Умеренное респираторное заболевание, признаки которого — температура выше 38°С, наличие одного или более клинических признаков респираторного заболевания (сухой лающий кашель, учащенное или затрудненное дыхание, гипоксия).
Тяжелое респираторное заболевание: температура выше 38°С; признаки острого респираторного заболевания (лающий кашель, учащенное или затрудненное дыхание, гипоксия); как правило, нет насморка, часто наблюдается утеря вкусовых и обонятельных ощущений. Признаки пневмонии выявляются при радиологическом обследовании или при обследовании методом компьютерной томографии.
Чего теперь нам ждать
Развитие событий показало, что ценой жесточайшего и, главное, строго соблюдаемого подавляющим большинством граждан карантина коронавирус в одной отдельно взятой стране победить можно. Примеры — Китай и Южная Корея. Также полезно помнить, что именно так удалось искоренить коронавирус атипичной пневмонии в 2003 году. Правда, у того вируса коэффициент распространения был, судя по всему, существенно меньше, чем у нынешнего.
Но далеко не все страны и не всегда могут такой карантин организовать. К примеру, никакие карантинные меры не помогли во время эпидемии свиного гриппа 2009 года. И теперь мы вынуждены жить с этим вирусом, но потери от него удается минимизировать путем вакцинации, несмотря даже на его продолжающуюся эволюцию.
Нынешняя ситуация все быстрее приближается к развилке из трех возможных исходов этой пандемии:
Дело здесь в том, что мы тщательно изолируем тяжелобольных. Это приводит к постепенной элиминации из круговорота коронавирусов наиболее патогенных его штаммов. В результате в организмах легкобольных и бессимптомных носителей размножаются и продолжают все шире распространяться и циркулировать его слабопатогенные штаммы, и в результате может появиться иммунная прослойка «проэпидемиченных» людей, а когда она достигнет десятков процентов населения, эпидемия начнет затухать.
Это пока что рабочая гипотеза, но она поддерживается многими эпидемиологами и вирусологами разных стран. Для того чтобы ее доказать или опровергнуть, нужны масштабные молекулярно-эпидемиологические исследования ситуации с эволюцией коронавирусов в разных странах. Основу для этого в России уже заложила недавняя инициатива РФФИ об объявлении конкурса НИР по тематике изучения коронавирусов.
По какому из трех путей будет развиваться ситуация, покажет результат усилий всех стран, борющихся с распространением инфекции. Но карантин более двух месяцев приведет к коллапсу экономик. А он, в свою очередь, приведет к еще более худшей ситуации с здравоохранением и общим благосостоянием людей. Так что нас ждет тяжелый компромисс, который надо пережить осознанно и ответственно.
Специфические средства терапии
В последней (1 апреля) на момент подготовки в печать настоящей статьи версии «Рекомендаций по лечению больных COVID-19» всемирно известной Массачусетской общей больницы (Massachusetts General Hospital) в самом начале честно сказано, что препаратов с доказанным действием против болезни, вызываемой новым коронавирусом, пока не разработано.
Ниже речь пойдет только об основных кандидатных препаратах, чьи лечебные свойства проходят проверку на пациентах.
Перспективные результаты получены для недавно открытого препарата Фавипиравир, который также известен в научных публикациях под названиями T-705, Фавилавир и Avigan. Механизм его действия заключается в ингибировании РНК-зависимых РНК-полимераз различных вирусов. Он разработан и выпускается японской компанией Toyama Chemical, входящей в состав концерна Fujifilm group. В опытах на животных он показал свою ингибирующую активность в отношении вирусов гриппа, Западного Нила и других флавивирусов, а также буньявирусов, аренавирусов, альфавирусов, энтеровирусов и некоторых других вирусов. В феврале 2020 года в Китае были начаты его клинические испытания в отношении лечения инфекции вирусом SARS-Cov-2. 17 марта в Китае в СМИ было объявлено, что препарат был эффективен в отношении заболевания COVID-19 в Ухане и Шэньчжэне, но полноценной научной публикации об этом пока не появилось.
Ритонавир + Лопинавир (Калетра) и другие ингибиторы вирусных протеаз давно известны в отношении их эффективности против ВИЧ-инфекции; но пока что четких данных по эффективности против коронавируса нет. Первичное изучение на 80 пациентах показало, что применение данного препарата существенно снижало время элиминации вируса до 4 дней, в сравнении с 11 днями в контрольной группе. Также у 91,4% пациентов улучшилось состояние легких по данным компьютерной томографии. Ограниченность этого исследования заключается в том, что оно не было проведено как рандомизированное, двойное слепое, плацебо-контролируемое исследование.
Препарат Ремдесивир компании Gilead Sciences, США. Он первично был разработан для лечения заболевания, вызванного вирусом Эбола, в качестве ингибитора РНК-полимеразы. На культуре клеток он работал, но эффективности на пациентах добиться не удалось. Первая группа пациентов с пневмонией, вызванной коронавирусом 2019-nCoV, начала официально принимать его 6 февраля в порядке клинических испытаний. Его применение для лечения больных в Китае и США предварительно показало его эффективность как ингибитора РНК-полимеразы, но опять же научной публикации так и не последовало, что говорит о неоднозначности полученных результатов.
В Японии разработан препарат Камостат Мезилат (ингибитор клеточной протеазы), применяемый для лечения других вирусных инфекций. На культурах клеток показано, что он тормозит коронавирусную инфекцию, препятствуя слиянию вирусной и клеточной мембран. Препарат разрешен к применению, а это уже сейчас открывает возможность испытать его для лечения коронавирусных инфекций, вызванных SARS-Cov-2.
Изучаются на стадии клинических испытаний также препараты — ингибиторы интерлейкина 6. Один из них — Тозилисумаб — препарат на основе моноклонального антитела против интерлейкина 6. Врачи в Италии сообщили, что этот препарат облегчил течение пневмонии за счет предотвращения воспаления легких, но на сам вирус он не действует. Специалисты полагают, что его применение будет полезным в предострой стадии пневмонии.
Также для лечения вирус-индуцированной пневмонии испытывается сочетание гидроксихлорохина (российский аналог — мефлоксин) и азитромицина (сумамед). Предполагается, что первый препарат снижает воспаление в легких, и помимо лечения малярии его когда-то применяли для лечения системной красной волчанки и ревматоидного артрита. Его роль — снижение излишней воспалительной реакции, которая и приводит к отказу легких. Второй препарат предотвращает вторичную бактериальную инфекцию. Однако первая подробная статья французских авторов об успехе данной комбинации лекарств вызвала бурю критики во всем мире, поскольку приведенное там описание клинических испытаний, да и сами их результаты не соответствуют принципам доказательной медицины. Следует также учесть, что первый препарат весьма токсичен, и его вроде как лечебная доза всего в 2–3 раза меньше резко токсической. Тем не менее эту комбинацию испытывают сейчас для лечения COVID-19 во многих странах мира, включая Россию.
В Китае, а теперь и в ряде других стран, охваченных пандемией, проводятся клинические испытания этих и целого ряда других препаратов. Результаты пока точно не известны.
Устойчивость коронавирусов в окружающей среде
По данным трех научных публикаций на эту тему, вышедших в феврале-марте, коронавирусы держатся на большинстве твердых поверхностей около 72 часов и лучше сохраняют жизнеспособность на пластике, лакированной деревянной поверхности и нержавеющей стали, чем на меди и картоне. Это подтверждает существенную роль контактного пути заражения через руки, касающиеся сначала ручек дверей, кнопок лифтов, кранов в туалетах и т. д., а потом — лица. Именно поэтому этих предметов надо касаться руками в перчатках или через салфетки, а в случае касания голыми руками как можно быстрее их помыть или протереть спиртовой салфеткой. И не касаться загрязненными руками или перчатками лица или глаз.
На тканях и мехе вирус инактивируется, судя по всему, намного быстрее (за шесть-десять часов) из-за их пористой объемной структуры, в которой содержащие вирус частицы диспергируются, быстро высыхают и в которую легко проникает окисляющий их воздух.
В воздухе возбудители заболевания могут в виде мельчайших аэрозолей находиться до трех часов, что подтверждает воздушно-капельный путь заражения.
Разработка вакцин
Несколько лет назад частная американская компания Moderna начала разработку вакцины от коронавируса MERS-CoV для верблюдов, чтобы прекратить его циркуляцию среди верблюдов и, соответственно, среди людей в Саудовской Аравии. Идея этой вакцины была основана на матричной РНК вирусного белка S, упакованной в липидную наночастицу. Эти частицы, стабилизированные с помощью специальных добавок, вводятся внутримышечно, как и большинство вакцин, их липидные мембраны сливаются с клеточной, мРНК попадает внутрь клетки, и на ней как на матрице синтезируется белок S или его фрагмент. Далее этот белок транспортируется на поверхность клетки, происходит его презентация иммунной системе организма (имитация зараженной вирусом клетки), и вырабатывается иммунитет. Идея логичная, обоснованная с точки зрения молекулярной биологии и иммунологии; и по всей видимости, эта компания достигла в данном направлении успехов, поскольку они быстро получили кандидатный вакцинный препарат для защиты от нового коронавируса.
Быстрота была достигнута благодаря сотрудничеству компании с Национальным институтом аллергических и инфекционных болезней Национальных институтов здоровья, США, и фармгигантом — компанией Merck, Sharp and Dohme (MSD, известной в России как МСД), а также уникальному решению FDA (Управления по контролю пищи и лекарств США) об исключении этапа проверки защитных свойств на животной модели заболевания, поскольку к тому времени модельного животного найти не удалось. В результате 16 марта начались клинические испытания 1-й фазы этой кандидатной вакцины на добровольцах: на безопасность и иммуногенность. Испытания 2-й фазы — на подбор дозы, на защитные и профилактические свойства — начнутся после подведения итогов испытаний 1-й фазы; ориентировочно в мае-июне.
Разработки вакцин интенсивно ведутся и в Китае, где главная компания-разработчик также начала клинические испытания 1-й фазы кандидатной вакцины во второй половине марта.
В России и ряде других стран также ведутся разработки вакцин против этого вируса, и в России клинические испытания могут начаться, судя по заявлениям разработчиков, уже в конце мая.
Разработать вакцину в очень сжатые сроки — крайне непростая задача. Ведь кандидатные вакцины должны проходить строгий комплекс доклинических испытаний для гарантии их безопасности для людей и выяснения их эффективности.
Средства повседневной профилактики
Еще в январе Всемирной организацией здравоохранения (ВОЗ) на основе опыта раньше всех охваченных эпидемией стран были разработаны рекомендации для врачей, эпидемиологов и населения всех стран по профилактике заражения коронавирусной инфекцией и другими острыми респираторными вирусными инфекциями. Эти рекомендации периодически обновляются на основе накапливаемого опыта и научных публикаций. Наши российские специалисты Роспотребнадзора и Минздрава РФ в феврале разработали и опубликовали рекомендации по этому поводу. Все они разумны, и применять их стоит; они также периодически обновляются в связи с появлением новых знаний об этом вирусе.
Особо рекомендуется мыть или протирать дезинфицирующей салфеткой руки после каждого контакта с ручками дверей, кнопками лифтов, ручками кранов, поручнями в метро и лестниц в местах общего пользования или открывать их с помощью локтя или обертывать их при открывании одноразовой салфеткой или туалетной бумагой.
Обычные маски эффективны не более одного часа. Поэтому надо иметь с собой их запас. И маски не стоит использовать многократно, кроме специальных многоразовых масок. Согласно рекомендациям российских специалистов и рекомендациям ВОЗ, маски вроде бы считаются малоэффективными для здоровых людей, но это информация не находит однозначного подтверждения в научных публикациях. Поэтому многоразовые индивидуальные маски рекомендуется носить в местах контактов с людьми. При этом многоразовых масок надо иметь две-три и после их снятия стерилизовать. Многоразовые маски удобнее всего стерилизовать в духовке, нагрев ее до 150 градусов и поместив туда маски минимум на десять минут. Эта рекомендация нуждается в дальнейшем уточнении, так как температура и время стерилизации зависят от материалов, из которых маски изготовлены.
В каких еще животных выявлена репликация SARS-CoV-2
Вирус SARS-CoV-2, по всей вероятности, произошел от коронавирусов одного из видов китайских летучих мышей. Однако, вернее всего, перед перескоком на человека он прошел через какого-то промежуточного хозяина. В частности, предполагались панголины. Но в марте вышла экспериментальная работа, посвященная проверке на чувствительность к заражению нынешним коронавирусом SARS-CoV-2 различных животных, живущих в контакте с человеком.
Выяснилось, что этот вирус очень плохо размножается в организмах собак, свиней, цыплят и уток. Но эффективно размножается в организмах хорьков и кошек. Более того, вирус передается кошками другим кошкам через респираторный тракт, и документально зафиксирован факт заражения нынешним коронавирусом тигра в зоопарке. Поэтому необходимо дальнейшее изучение кошек и хорьков как возможных будущих (и нынешних тоже) резервуаров и переносчиков коронавирусных инфекций человека.
Что значит обнаружен рнк вируса sars cov 2
Исследование для выявления коронавируса SARS-CoV-2, которое позволяет с помощью метода полимеразной цепной реакции (ПЦР) определить генетический материал (РНК) вируса в образце биоматериала.
Коронавирусная инфекция, ковид.
COVID-19 PCR test, 2019-nCoV PCR, RNA [polymerase chain reaction, PCR].
Полимеразная цепная реакция с обратной транскрипцией (ОТ-ПЦР).
Аналитическая чувствительность тест-системы – 5*10^2 копий (1*10^5 копий/мл).
Какой биоматериал можно использовать для исследования?
Мазок из ротоглотки и носоглотки.
Как правильно подготовиться к исследованию?
Общая информация об исследовании
Коронавирусы – это РНК-содержащие вирусы, на сегодняшний день известно 40 видов. В конце 2019 года был выявлен новый штамм коронавируса – SARS-CoV-2, который вызывает коронавирусную инфекцию COVID-19.
Коронавирусы названы в честь короноподобных шипов на поверхности вируса. У коронавируса SARS-CoV-2 выделяют два подтипа: S и L. S-подтип – более ранний, был сфокусирован в Ухани, вызывает более тяжелое течение заболевание, а L – поздний штамм, распространился по всему миру.
Вирус передается от человека человеку воздушно-капельным, воздушно-пылевым и контактным путем, через рукопожатия и поверхности предметов, на которых он может существовать определенное время. Инкубационный период – до 14 дней, в среднем симптомы появляются на 5-6-е сутки.
Коронавирус тропен к эпителиальным клеткам легких, желудка и кишечника. Поскольку чаще всего «входными воротами» инфекции служат дыхательные пути, то вирус приводит к развитию респираторных симптомов. У большинства заболевших инфекция протекает в легкой форме, носящей симптомы ОРВИ. В группе риска пожилые люди, курильщики и люди с хроническими заболеваниями. У них коронавирусная инфекция может протекать с развитием тяжелой пневмонии и респираторного дистресс-синдрома. У детей заболевание чаще всего протекает в легкой форме.
Молодые люди и дети могут переносить инфекцию бессимптомно, что способствует распространению COVID-19 среди населения.
К основным симптомам относятся:
Реже заболевание проявляется диареей, тошнотой и рвотой.
Диагностика коронавирусной инфекции проводится при помощи метода ПЦР, который позволяет выявить генетический материал вируса в организме.
Для чего используется исследование?
Когда назначается исследование?
Что означают результаты?
Причины положительного результата:
Причины отрицательного результата:
Все пациенты, прибывшие из стран с высоким уровнем распространения COVID-19 или контактировавшие с прибывшими оттуда, а также пациенты с повышенной температурой тела и/или явными симптомами ОРВИ будут направляться для обследования согласно рекомендациям Роспотребнадзора.
Кто назначает исследование?
Инфекционист, педиатр, врач общей практики, анестезиолог-реаниматолог.
Интерпретация диагностических тестов на SARS-CoV-2
Пандемия коронавирусной инфекции 2019 года (COVID-19) продолжает оказывать свое влияние на весь мир. Знания о диагностических тестах на SARS-CoV-2 по-прежнему расширяются, и крайне важным является понимание смысла этих тестов и правильная интерпретация их данных. Этот материал объясняет, как интерпретировать два типа диагностических тестов, обычно используемых для диагностики инфекции, вызванной SARS-CoV-2 — ПЦР с обратной транскрипцией и ИФА для определения IgG и IgM — и как их результаты могут изменяться с течением времени.
.
Определение вирусной РНК методом обратной транскрипции
На сегодняшний день наиболее часто используемый и достоверный тест для диагностики COVID-19 — это ПЦР с обратной транскрипцией. В качестве материала для исследования чаще всего используют мазок из носоглотки или реже другие образцы из верхних дыхательных путей, например, мазок из ротоглотки или слюну. Производители используют разные целевые гены в структуре РНК, но большинство тестов определяет наличие таких генов, как env, spike (S), ORF1, ген нуклеокапсида (N) и ген РНК-зависимой РНК полимеразы (RdRp). По данным сравнительного исследования, тесты сопоставимо чувствительны к различным индивидуальным генам; исключение составляет зонд RdRp-SARSr, который обладает меньшей чувствительностью (вероятно, из-за несоответствия нуклеотидов в обратном праймере).
У большинства людей с симптомами коронавирусной инфекции нагрузка вирусной РНК в мазке из носоглотки определяется по порогу числа циклов (cycle treshold, Ct), выявляется со дня появления симптомов и становится максимальной в течение первой недели. Ct — это количество циклов репликации, необходимое для формирования флюоресцентного сигнала. При этом наименьший показатель Ct соответствует наибольшей нагрузке вирусной РНК. Показатель Ct менее, чем 40, клинически соответствует положительной ПЦР. Этот уровень начинает снижаться к третьей неделе заболевания и вскоре становится неопределяемым. Показатель Ct у госпитализированных пациентов с тяжелыми случаями инфекции ниже такового при легко протекающих формах; в тяжелых случаях положительная ПЦР может отмечаться более трех недель с момента начала заболевания, тогда как большинство легких случаев в это время будут показывать негативный результат. Как бы то ни было, положительная ПЦР отражает только присутствие вирусной РНК и не обязательно показывает наличие жизнеспособных вирусов.
В некоторых случаях вирусная РНК определяется методом ПЦР с обратной транскрипцией даже через шесть недель после первого позитивного теста. В нескольких случаях тест был положителен после двух последовательных негативных тестов ПЦР, проведенных с разницей в 24 часа. Неясно, было это обусловлено ошибкой в исследовании, реинфекцией или реактивацией. В исследовании девяти пациентов попытки изолировать вирус в культуре после восьмого дня с момента начала заболевания не увенчались успехом, что объясняется снижением инфекционных свойств вируса после первой недели. Отчасти поэтому «стратегия, основанная на симптомах» Центра по контролю и профилактике заболеваний показывает, что «медицинские работники могут приступить к работе, если как минимум три дня (72 часа) прошло с момента выздоровления: отсутствие лихорадки без применения антипиретиков и снижение респираторных симптомов (кашель, затруднение дыхания); и как минимум 10 дней прошло с того момента, как симптомы впервые появились».
Временная шкала изменения результатов ПЦР изменяется, если в качестве образцов используют не мазок из носоглотки. «Позитивность» ПЦР снижается медленнее в мокроте и может быть выявлена даже после того, как мазки из носоглотки уже отрицательны. В одном исследовании ПЦР была позитивна в образцах кала у 55 из 96 инфицированных пациентов (57 %) и оставалась позитивной после получения отрицательного результата в мазке из носоглотки с медианой 4–11 дней. При этом обнаружение позитивной ПЦР в кале не коррелировало с клинической тяжестью процесса. По оценкам Wolfel с соавт. длительность выявления положительной ПЦР в мокроте и кале одинакова.
В исследовании 205 пациентов с подтвержденной коронавирусной инфекцией вирусная нагрузка, выявленная ПЦР с обратной транскрипцией, была высокой в образцах, полученных методом бронхоальвеолярного лаважа (93 %), в мокроте (72 %), назофарингеальных мазках (63 %) и глоточных мазках (32 %). Ложноотрицательные результаты в основном появлялись при несоблюдении временного интервала забора образцов и нарушении техники забора, особенно в случае мазков из носоглотки. Специфичность большинства тестов ПЦР с обратной транскрипцией составляет 100 %, потому что дизайн праймеров высоко специфичен к геномной последовательности SARS-CoV-2. Случайные ложнопозитивные результаты могут появляться вследствие технических ошибок или контаминации образца.
Выявление антител к SARS-CoV-2
Инфицирование коронавирусом также может быть определено непрямым способом — путем исследования иммунного ответа пациента. Серологический диагноз особенно важен для пациентов с легкими или среднетяжелыми формами, которые могут начать наблюдаться поздно, по прошествии первых двух недель от начала заболевания. Серологический диагноз также становится важным инструментом для понимания степени распространения COVID-19 в популяции и выявления лиц, иммунизированных и «защищенных» от заражения.
Наиболее чувствительным и ранним серологическим маркером является общий уровень антител. Уровни IgM и IgG начинают нарастать со второй недели с момента появления симптомов; ИФА для их определения обычно становится положительным раньше, на четвертый день после появления симптомов, достигая максимального уровня на 2–3 недели заболевания.
Как было показано на 23 пациентах в исследовании To и соавт. и 85 пациентах в исследовании Xiang с соавт., сероконверсия IgM и IgG появляется у всех пациентов между третьей и четвертой неделями заболевания. К этому времени уровень IgM начинает снижаться, достигает наименьшего значения к 5 неделе и полностью исчезает к седьмой неделе, тогда как IgG выявляется позже седьмой недели. В исследовании 140 пациентов, чувствительность комбинации методов ПЦР и ИФА в отношении антигена нуклеокапсида (NC) составила 98,6 % в сравнении с таковой в 51,9 % у одной ПЦР. В течение первых 5,5 дней количественная ПЦР имеет более высокий рейтинг выявления положительных случаев, чем ИФА, затем этот показатель меняется.
ИФА для определения IgM и IgG имеет более чем 95 % специфичность для диагностики COVID-19. Первоначальная ПЦР, исследование парных сывороток и второе исследование через две недели могут повысить точность диагностики. Как правило, большинство антител продуцируются против наиболее интенсивно вырабатываемого протеина вируса — нуклеокапсида. Поэтому тесты, которые выявляют антитела к нуклеокапсиду, должны быть более чувствительными. С другой стороны, белок RBD-S — это белок прикрепления из организма хозяина, и исследование антител к нему должно быть более специфичным. Исследование одного или обоих антигенов для выявления IgG и IgM должно повысить общую чувствительность. Антитела могут, однако, показывать перекрестную реактивность в отношении SARS-CoV-2 и других коронавирусов.
Экспресс-тесты для детекции антител широко разрабатываются и продаются, имея при этом разный уровень качества. Многие производители не раскрывают природу используемых антигенов. Эти тесты редко показывают результат в качественном отношении; как правило, ими можно выявить только присутствие или отсутствие антител против SARS-CoV-2. Наличие нейтрализующих антител может показать только реакция нейтрализации, но высокие титры IgG в ИФА могут позитивно коррелировать с уровнем нейтрализующих антител. Длительность существование и функционирования нейтрализующих антител остается неизвестной.
Выводы
С использованием доступных доказательств была выработана клинически применимая временная шкала диагностических маркеров для детекции COVID-19. Большинство доступных сведений актуальны для взрослых не иммунокомпрометированных лиц. Время обнаружения положительной ПЦР и сероконверсии может изменяться у детей и некоторых групп взрослых, включая большое число бессимптомных пациентов, диагностика коронавирусной инфекции у которых требует активного вмешательства. Остается много вопросов, например, как долго сохраняется иммунитет у перенесших COVID-19 лиц с симптомами и без таковых.